中科医院专家微信 http://m.39.net/pf/a_4580328.htmlPyMOL是一个分子三维结构显示软件，适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。在前面的推文中，一木已经为大家分享了多篇有关PyMOL使用的操作教程。本期内容是实战篇，为大家分享如何使用PyMOL绘制小分子-蛋白相互结合位点展示图。
1.首先导入小分子-蛋白的复合物结构
在命令行输入以下命令：
fetch3FGU
2.调整显示样式
在PyMOL窗口右侧的对象面板中，点击“H-Waters”隐藏所有的水分子；
3.识别活性位点中的配体
首先通过单击顶部的下拉菜单“Display-Sequence”打开序列查看面板：
①在序列查看面板中向右滚动灰色条，直到找到配基名称（BGC、ANP、MG、K）；
②在可视化窗口中使用鼠标旋转和缩放观察结构，并且找到比较好的视角可以清楚的查看配体。
4.选择配体周围5范围内的残基以定义活性中心
①在PyMOL可视化窗口中通过鼠标点击的方式选中配体分子，包括BGC、ANP以及MG；此时对象面板中出现新的对象sele，在该对象的右侧点击“A-nameselection”修改名称为“ligands”；
习惯使用命令行的小伙伴，也可以使用以下命令实现快速选择和重命名：
seleligands,snBGC+ANP+MG
②下面将选择的配体分子单独复制为新的对象，在对象面板中点击“ligands-A-Duplicate”；
然后点击“sel01-A-nameselection”更改名称为“active”；
③显示5范围的残基：在对象面板中点击“active-A-Modify-Expand-by5,Residues”，然后点击“active-S-Licorice-Sticks”显示这些残基，最后在可视化窗口中空白的地方单击以清除所选内容；
习惯使用命令行的小伙伴也可以输入以下命令实现同样的效果：
seleactive,bysallwithin5ofligandsshowsticks,active
5.将侧链显示为棒状并调整活性中心的水分子
在对象面板点击“ligands-A-Duplicate”，然后点击“Sel02-A-RenameSelection”重命名对象为“active_water”；
调整新的选择以包含活性中心水分子，在对象面板点击“active_water-A-Modify-Around-AtomsWithin4”，进一步修改水分子的显示样式，点击“active_water-A-Modify-Restrict-ToSolvent”，然后点击“active_water-A-Pset-BallandStick”；
习惯使用命令行可以实现更适合的操作，如选择可形成氢键3.3范围内的水分子，设置球体的范德华半径等，如输入以下命令来实现：
selectactive_water,((ligands)around3.3)and(snHOH)showsphes,active_wateralteractive_water,vdw=0.5build
6.展示活性位点中配体与酶的相互作用
点击“active-A-Zoom”居中放大显示活性位点，然后点击“ligands-A-Find-PolarContacts-ToAnyAtoms”显示配体与酶受体之间的极性相互作用，并且点击“ligands_polar_contacts-S-Labels”来显示相互作用的距离标签；
7.简化结构
在对象面板点击“3FGU-H-Cartoon”隐藏蛋白的卡通显示，此时非活性位点的蛋白部分被隐藏，可以点击“ligands_polar_contacts-H-Labels”来隐藏氢键长度的标签；
下面单独给配体分子着色以突出显示：在对象面板点击“ligands-C-ByElement-CHNOS”；
习惯使用命令行的小伙伴也可以输入以下命令实现同样的效果：
colorcyan,ligandscoloratomic,ligands!elemC
8.添加标签
在对象面板中点击“active-L-Residues”为氨基酸残基添加标签；
9.随时保存工作进度或与他人共享
在菜单栏点击“File-SaveSessionAs”，随后在弹出窗口中选择一个位置，键入文件名，然后单击保存；
10.保存图像
首先在菜单栏单击“Display-Background-White”将背景改为白色，之后在菜单栏点击“File-ExportImageAs-PNG”导出图像为.PNG格式。
当然，大家可以根据自己的需要进一步的修改，建议参考
