编者按：随着小麦多组学数据类型的增加，我们常常需要将多维度的信息展示在21对染色体上。我们之前推送过西北农林科技大学姜雨老师团队今年发表在GenomeBiology上的首篇小麦重测序文章（基因组重测序揭示六倍体普通小麦的遗传多样性来源于频繁的种内和种间杂交）。特别地，我们小编认为其中的染色体图（下图）绘制精美；经向一作咨询做图经验受到启发，并尝试做出了R代码版（这是我见过的最漂亮的小麦染色体图）；期待后续同大家分享。
今天，我们再此邀请到这篇GenomeBiology文章的第一作者程红，为大家揭秘该图的做图技巧。希望能为各位一线科研工作者带来一些启发。
如何绘制染色体图大家可以在网上搜索到不少方法，也有一些在线的工具，这里只讲解一下我们绘制小麦染色体图的方法，可能不是最简便的，仅供大家参考。按照以下步骤即可绘制上图所示的染色体图。
1.准备绘图数据
以上图为例，图中染色体上不同颜色的色块展示的是全基因组上的渗入片段，那画图的数据就是渗入片段在基因组上的位置，包括染色体、起始、终止。另外，还可以将这些片段分类，分类信息也可同时添加到画图的数据中，以便对不同类型用颜色或其他特征进行区分。
数据格式如下表所示(非真实数据)：
2.利用R语言ggplot2进行绘图，code比较简单，如下
library(ggplot2)#载入ggplot2程序包，如没有需先安装data=read.table(clipboard,header=T)#复制数据，通过剪切板读入，亦
可直接读文件
p=ggplot(data,aes(x=(start+end)/(2*),y=value,width=length/,fill=type))+geom_bar(stat=identity)+scale_y_continuous(limits=c(0,1),expand=c(0,0))+scale_x_continuous(breaks=c(0,,,,,,,,),expand=c(0,0))+scale_fill_manual(values=c(Land=#FF,Var=#FF,Both=grey))+theme_set(theme_bw())+theme(panel.grid.minor=element_blank())+theme(panel.grid.major=element_blank())+theme(axis.text.y=element_blank(),axis.ticks.y=element_blank())+theme(plot.background=element_rect(fill=transparent,colour=grey))+xlab(Position(Mb))+ylab()#利用ggplot2绘图，x坐标和with都除以是为了以Mb为单位，如果不需要也可以不除。颜色、字体、背景色等可根据个人需要进行调整和修改，具体参数见ggplot2包的说明p+facet_grid(chrom~.)#按照染色体分开
所得图像如下：
3.利用AdobeIllutrator（AI）绘制染色体轮廓
通过R简单将数据绘制出来后，将图片存为pdf格式通过AI软件打开。主要使用的为AI的圆角矩形工具（如下图）。
首先，需将R中绘制的多余的边框等删掉然后用圆角矩形替代，圆角的弧度可进行调整（如下图）。
需要提醒的是R绘制出来的图对象(AI中多用路径一词)很多，在删除边框时一定要选对对象，不然容易同时把染色体上的色块也一同删除。另外，建议处理好一条染色体后，将组成这条染色体的所有对象都组合到一起，这样既不容易出错也方便后续位置的变动等操作。
如需画出着丝粒位置，每条染色体需要画两个圆角矩形拼接到一起，如不需要则简单画一个即可。
以上即是我们的绘图方法，可能步骤有些复杂，但AI里调整图片方便快速且直观，个人认为还是比较便捷的。当然整个图也可完全用R语言绘制，省去AI修图的步骤，对于R语言比较精通的也可用R进行绘制。